本期分享一篇 Nature Method 上的文章，题目是timelapse-seq: adding a temporal dimension to RNA sequencing through nucleoside recoding，这篇文章的主要创新点在于可以通过类似RNA-seq的测序技术观察细胞内RNA的动态变化过程，具体的思路是利用2012年发表在 NB 上的一篇s4U的文章，s4U的技术变种有很多，简单描述一下它的原理：向细胞培养液中添加s4U，这样细胞新合成的RNA就会掺入s4U，通过磁珠就可以把含有s4U的RNA抓取下来，进而达到分析新合成的RNA的目的。本文作者利用了s4U的化学性质，通过引入T-C的突变，则不需要磁珠抓取进一步区分新合成和原先存在的RNA，这样就可以观察细胞内RNA的动态变化，下文详述。

Fig1

图一展示了这项技术的大致原理，在实验部分首先向细胞培养液中添加s4U，可以发现过一段时间以后，细胞里面就可以看到掺入了s4U的RNA的合成（图中蓝色的部分），之后提取RNA，加入化学试剂使得s4U由U变为C，图中黄色区域部分。在接下来的数据分析过程中，将测得的250bp的序列remapping到对应物种的基因组上，统计这一reads中U-C的数目，数目越多，则合成的RNA时间约晚。图b通过限制性酶切的实验简单地进行了验证，证明确实成功地将U碱基转化为了C碱基。

Fig2

图2a、b、c举了三个基因的例子，可以看到这种展现方式确实可以直观的观察到RNA随着时间的变化，图中红色条形图的增加。 图2g、h是在细胞热激情况下检测到的RNA水平的变化，从图g可以看出，本文的方法和之前的全RNA-seq方法相比，准确度有的一拼，并且灵敏度也更好。

Fig3

这个技术还有一个应用就是可以看不同转录本变体的RNA水平的动态变化，如图中举例的 ASXL1两个转录本在实验中可以检测他们随着时间的变化。

总结

这篇文章我感觉干货非常多，最后文章还有一个用MCMC来估计转录本比例和半衰期的模型，还没看太懂，如果下次我组会讲这篇文章就再详细看一遍。这篇做的很细，数据分析功底也很扎实。在这篇文章revision的时候 Nature Method 还发了一篇非常类似的文章，不过使用的是不同的化学试剂，还没看，但明显感觉题目不如这个有吸引力（强行为我看漏了找借口）。